این مسجد از نظر شیوه معماری و تزئینات از مساجد بسیار زیبای استان آذربایجان شرقی محسوب می‌شود. از ضمائم مسجد جامع اهر لوح‌هایی بر بالای سردر و پایه سمت راست و ۵ گل مشروحه در لچک‌های سردر است و دارای ۲۱ گنبد که در دوره‌های مختلف به تعداد آن‌ها افزوده شده است. این اثر در تاریخ ۷ مهر ۱۳۸۱ با شمارهٔ ثبت ۶۱۵۳ به‌عنوان یکی از آثار ملی ایران به ثبت رسیده است.