کویر خارا در ۱۰۰ کلیومتری شرق اصفهان و ۱۵۰ کیلومتری غرب یزد در استان اصفهان قرار دارد. این کویر از شرق به تالاب گاوخونی، از شمال به شهرستان ورزنه و زاینده رود، از جنوب به حسن آباد و از غرب به محور ارتباطی حسن آباد به ورزنه محدود می‌شود.