کاروانسرای زکی خانی در شهر زرقان( مرکز شهرستان زرقان در استان فارس) واقع شده است.

این کاروانسرا مربوط به دوره صفویه، در واقع منزلگاه بین راهی بوده است که در ادامه مسیر اصفهان به سمت شیراز در منطقه زرقان احداث گردیده است.

براساس منابع و کتب تاریخی همچون فارسنامه ناصری، آثار عجم، سفرنامه مارکوپولو، جکسون آمریکایی، جهانگشای نادری، قریه زرقان همواره دارای قدمت تاریخی بوده است. در برخی از این کتب همچون آثار عجم و فارسنانه به این کاروانسرا اشاره شده است.

کاروانسرای زکی خانی در تاریخ20 شهریورماه سال1385 به شماره  16040 در فهرست آثار ملی ایران به ثبت رسیده است.